En 1996, debido a errores en la gestión empresarial cometidos por Manuel Fernández Sousa y su equipo en aquellos años, Pescanova se encontraba en una situación financiera crítica y a punto de ser absorbida por la empresa holandesa Unilever.

Fue cuando el entonces presidente de la Xunta de Galicia, Manuel Fraga Iribarne, en una insólita iniciativa por parte de un gobierno autonómico, acudió en auxilio de la compañía mediante la suscripción de 800 millones de pesetas en obligaciones de la empresa pesquera, el 84% de la inversión del Igape en aquel año. Unos fondos de la Xunta que salvaron a Pescanova, al tiempo que sirvieron para defender sus inversiones foráneas, en Namibia, Chile, Mozambique y otros países.

Con Pescanova reflotada, Caixagalicia aprovechó más tarde diversas oportunidades para aumentar su participación accionarial para llegar a superar el 20% actual.

Una vez perdidas las elecciones por parte del PP, el último gobierno de Fraga Iribarne, ya en funciones, ejecutó in extremis otra decisión polémica, la de autorizar a Pescanova la instalación de una macroplanta de cría de rodaballo en un espacio natural protegido de la Costa da Morte, medida que el actual gobierno gallego se vio obligado a derogar.

Como respuesta, Manuel Fernández Sousa, tras rechazar diversas ubicaciones alternativas, anunció que la planta se construiría en Portugal, al tiempo que suspendía otras inversiones acuícolas de su empresa previstas en Galicia.

La realidad es que, técnicamente, Pescanova soporta, en forma de obligaciones, una fuerte deuda con el gobierno de Galicia. Es decir, con los gallegos. Una deuda que si a su vencimiento no es abonada, en la práctica se convertirá en una subvención a fondo perdido.

Por otra parte, la empresa vuelve a atravesar por vicisitudes, que ahora no son financieras sino de organización interna. Al conocido cese de Alfonso Paz-Andrade como consejero-delegado, tras más de dos décadas en el cargo, se unen fuertes tensiones entre sus directivos, varios de los cuales no están en absoluto de acuerdo con la última política empresarial de Fernández Sousa.